O forse dovremmo dire l'inizio di un'altra, nuova ma altrettanto affascinante. Qualche mese fa è stato pubblicato sulla prestigiosa rivista scientifica Science un report che illustrava i risultati ottenuti facendo una simulazione al calcolatore di dinamica molecolare di una proteina di membrana (nella fattispecie un canale ionico al potassio). L'interesse principale dal punto di vista scientifico è duplice: da un lato sta nella scala dei tempi che è stato possibile raggiungere (usando un calcolatore ad alte prestazioni appositamente progettato e costruito per questo scopo); dall'altro ha consentito di misurare il cambiamento conformazione di una proteina importante dal punto di vista biologico (il canale ionico di topo Shaker). Beh, la cosa interessante è che per la prima volta è stato possibile calcolare con una buona precisione la struttura tridimensionale di una proteina partendo da uno dei suoi possibili stati, noto come forma aperta, e determinarne la struttura 3D della corrispondente forma chiusa (ne avevamo parlato qui una volta).
Per i curiosi il tempo totale di simulazione è stato di (circa) 300 us (micro-secondi). Beh, non proprio un tempone si dirà... Erano già note infatti simulazioni di molecole biologiche ben più lunghe. Si da il caso però che questa performance di calcolo può considerarsi a tutti gli effetti una pietra miliare nella storia delle simulazioni della struttura di proteine. Non solo sta contribuendo a risolvere uno dei problemi più affascinanti della biologia strutturale degli ultimi 10-15 anni, ma anche un problema medico di notevole impatto nella progettazione di farmaci e terapie verso malattie genetiche importanti, note come canalopatie.
Per i curiosi il tempo totale di simulazione è stato di (circa) 300 us (micro-secondi). Beh, non proprio un tempone si dirà... Erano già note infatti simulazioni di molecole biologiche ben più lunghe. Si da il caso però che questa performance di calcolo può considerarsi a tutti gli effetti una pietra miliare nella storia delle simulazioni della struttura di proteine. Non solo sta contribuendo a risolvere uno dei problemi più affascinanti della biologia strutturale degli ultimi 10-15 anni, ma anche un problema medico di notevole impatto nella progettazione di farmaci e terapie verso malattie genetiche importanti, note come canalopatie.
